新鲜冰冻组织空间转录组测序
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Q&A
技术原理
当冰冻组织切片放置在带有spatial barcode的Visium 芯片的捕获区域内，进行HE染色和成像后，顺利获得组织透化，细胞内的mRNA释放，被芯片上带有oligo-dT的探针捕获。被捕获的mRNA开始逆转录，得到的cDNA中包含spatial barcode序列，构建文库后顺利获得测序，可以将mRNA转录的序列映射到组织中的原始位置，从而取得基因表达的位置信息。
Visim空间转录组的核心在于芯片部分：正式文库构建的芯片上有4个捕获区域，每个捕获区域约含有5,000个spot，每个spot能捕获1～10个细胞，spot与spot中心点之间的距离为100μm，每个spot 含有上百万个可以与mRNA结合的捕获探针，且每个探针上含有独一无二的条形码(spatial barcode)来标记空间位置信息。
空间转录组基因表达芯片原理
样本类型
可用于组织切片的OCT包埋样本（骨组织等样本不可用）
实验流程
空间转录组测序实验流程
分析流程
空间转录组测序分析流程
应用方向
a.肿瘤异质性;
b.组织形态学;
c.组织发育机制;
d.治疗干预反应;
e.生物标志物发现;
f.细胞图谱。
产品优势
a.全面分析疾病复杂性
b.发现新的生物标志物，鉴定新的细胞类型和状态
c.定位细胞图谱的空间结构
d.识别时空基因表达模式
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